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Allieとは

Allie は生命科学分野において使われている略語とその展開形を検索するシステムです。 当該分野において略語は頻繁に使われており、同じ略語が文献により様々な別の意味で用いられている事例が多数あります。 そして展開形を記述せずに略語が使われることもあることから、 生命科学分野に特化した略語の意味を読者が簡単に知ることの出来るシステムがあれば便利ではないかという思いからAllieは開発されています。

基本的な利用方法

  1. 検索を開始する方法は二通りあります。一つ目は、[検索語]入力フォームに略語、展開形、あるいはいずれかの一部を入力し、「検索」ボタンをクリックする方法です。 この下の「"SPF"で試す」ボタンをクリックすることで、例として「SPF」を検索語とした時の結果を取得することが出来ます。

    もう一方は、直接AllieのURLに記述する方法です。例えば、「SPF」に完全一致する略語を検索したい時には、通常のURLに「/short/exact/Any/SPF.html」を付け足して、http://allie.dbcls.jp/short/exact/Any/SPF.htmlとします。URLの仕様については「URL仕様」を参照してください。
    いずれの方法も、2文字以上の語が検索対象です。
  2. 検索語が略語か展開形のいずれかにマッチした場合、結果が表示されます。 また、略語と展開形の双方にマッチした場合、どちらかを選択する表示がなされます。 何もマッチしなかった場合は、その旨の表示がなされます。 検索結果の各行には以下の情報が含まれます。
    • 略語もしくは展開形
      検索語が略語にマッチした場合には、対応する展開形の一つが、そして検索語が展開形にマッチした場合には、対応する略語の一つが表示されます。 カッコの中には文献中での出現頻度が表示されます。
    • 研究分野
      MEDLINEに納められている文献を出版する各学術誌に対し、 その研究対象を表すために生命科学分野の統制語彙「MeSH」に含まれる「MeSHターム」がNLMによりつけられています。 その情報を研究分野として文献に関連付け、最も出現頻度の高い研究分野が表示されます。 そして関連付けられたMeSHタームに関する情報を閲覧するためのリンクがあります。 研究分野に続き、その出現頻度がカッコの中に表示されます。
    • 共起略語
      PubMed/MEDLINE情報の題目もしくは要旨中において、当該略語もしくは展開形と共起する略語のリストです。 検索結果が表示されるページにおいては、各行最大3件まで表示されます。 そして全ての共起略語を閲覧するためのリンクがあります。 各共起略語に続き、その出現頻度がカッコの中に表示されます。
    • PubMed/MEDLINE情報
      マッチした略語もしくは展開形が出現するPubMed/MEDLINEに含まれている文献の発表年と題目です。 各行に1件表示され、続いて全てを閲覧するためのリンクがあります。 各タイトルは対応するPubMed/MEDLINEエントリへのリンクになっています。
  3. 検索結果が表示された後には次のことが出来ます。
    • 研究分野を絞り込む
      画面左側にある[分野]のリストボックスに、候補に関連付けられた研究分野のリストが表示されます。任意の研究分野を選択することでその研究分野が関連付けられた候補のみを表示することができます("(Any)"を選択することで全ての研究分野の候補を表示できます)。
    • 結果を全件表示する
      100件以上の候補がある場合には、初期状態では略語/展開形の出現頻度降順に100件のみを表示します。 全件を表示するには、画面左側の[表示件数]で全件表示のラジオボタンを選択すると表示できます。
    • 1ページの表示件数を選択する
      画面左側にある[1ページの表示件数]のプルダウンメニューで、1ページに表示する候補の件数を[5, 10, 20, 50, 100]から選択することができます。
    • 次の結果ページを見る
      画面左側にある[ページ移動]のボタンで、1ページの表示件数以上の候補がある場合はページ移動ができます。
    • 略語/展開形ペア情報を閲覧する
      略語または展開形が表示されている部分の「>> 詳細」をクリックすることで閲覧できます (サンプルページ)。 概念的に同じと判断された略語/展開形ペアのバリエーションを略語、展開形、ペア(略語/展開形)ごとに閲覧できます。 各バリエーションのカッコの中には出現頻度が表示され、続くリンクをクリックするとRDFデータを閲覧することができます。
      また、全てのPubMed/MEDLINE情報を閲覧でき、次の情報が得られます。
      • 発表年
      • 題目
      • 当該PubMed/MEDLINEデータの題目もしくは要旨に出現する他の略語
      各タイトルは対応するPubMedページへのリンクになっています。表示されている共起略語の一つをクリックすると、略語の完全一致検索をした時と同じ結果が得られます。
    • 研究分野のMeSHターム情報を閲覧する
      研究分野が表示されている部分の「>>」をクリックすることで閲覧できます (サンプルページ)。
    • 全ての共起略語を閲覧する
      共起略語が表示されている部分の「>> 詳細」をクリックすることで閲覧できます (サンプルページ)。 本ページでは次の情報が得られます。
      • 当該ペアと一緒にPubMed/MEDLINEデータの題目もしくは要旨に共起して出現する略語
      • 当該ペアと略語が共起して出現する頻度
      • 共起略語の単独での出現頻度
      表示されている共起略語の一つをクリックすると、略語の完全一致検索をした時と同じ結果が得られます。
    • 全てのPubMed/MEDLINE情報を閲覧する
      PubMed/MEDLINE情報が表示されている部分の「>> 詳細」をクリックすることで閲覧できます (サンプルページ)。 本ページでは次の情報が得られます。
      • 発表年
      • 題目
      • 当該PubMed/MEDLINEデータの題目もしくは要旨に出現する他の略語
      各タイトルは対応するPubMedページへのリンクになっています。表示されている共起略語の一つをクリックすると、略語の完全一致検索をした時と同じ結果が得られます。
    • 結果の表示順序を変える
      全ての結果表示ページにおいて、検索結果のカラム名をクリックすることでその列をアルファベットの昇順・降順に並び替えることが出来ます。

検索方法

Allieでは次の検索方法を選べます。 初期設定は完全一致です。

URL仕様

略語もしくは展開形を検索するためのURL

略語/展開形ペア情報を検索するためのURL

PubMed情報を検索するためのURL

関連(共起)略語を検索するためのURL

FAQs

結果表示ページにおける「展開形/略語の種類」と「出現頻度」の意味は何ですか?

Allieでは概念的に同じと判断される略語もしくは展開形が専門用語辞書とクラスタリングツールを用いて表記上の違いがある場合でもひとまとめにされます。 そのため、検索結果を表示するページにおいて、ひとまとめにされた略語もしくは展開形のグループは一項目として扱われ、その中で最も出現頻度の高いものが結果(「展開形」もしくは「略語」列)に表示されます。 そして、このグループの数を「展開形/略語の種類」の数として表示します。 また、「出現頻度」とは、ひとまとめにされた略語もしくは展開形の、PubMed/MEDLINEデータ中での題目もしくは要旨における出現頻度を意味します。

どうしてPubMed/MEDLINE情報に表示される文献のタイトルもしくは要旨に検索結果の略語もしくは展開形が含まれていないものがあるのですか?

Allieでは概念的に同じと判断される語同士を同一視して処理しています。従って表記上は異なるものでも概念として同じ略語もしくは展開形が一つの検索結果項目として扱われます。 ですから、検索結果として表示されている略語もしくは展開形と完全一致する標記が対応するPubMed/MEDLINE情報にある文献のタイトルもしくは要旨に無かったとしても、概念的に同じ表現が含まれていると考えられます。概念的に同じと判断された語は、略語/展開形ペア情報ページにおいてバリエーションとして閲覧できます(サンプルページ)。

Allieに関する文献はありますか?

以下の文献があります。
Y. Yamamoto, A. Yamaguchi, H. Bono and T. Takagi, "Allie: a database and a search service of abbreviations and long forms.", Database, 2011:bar03.
PubMed Entry | Full text paper available

H. Ao and T. Takagi, "ALICE: an algorithm to extract abbreviations from MEDLINE.", J Am Med Inform Assoc., 2005 Sep-Oct;12(5):576-86.
PubMed Entry | Full text paper available

REST/SOAPサービスの利用方法を教えて下さい

こちらをご覧ください。

Allie SPARQLエンドポイントのURLを教えてください

SPARQLエンドポイントのURLは"http://data.allie.dbcls.jp/sparql"です。

SPARQLクエリのサンプルについてはこちらをご覧ください。

バグレポートや意見はどちらに送れば良いですか?

以下のアドレスまでメールでお寄せ下さい: support AT dbcls DOT rois DOT ac DOT jp


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